دانشگاه گیلان فیزیولوژی و بیوتکنولوژی آبزیان 2345-3966 7 3 2019 12 12 Bioinformatics evaluation of the miRNAs effect on expression of genes involved in neurogenesis process in zebrafish (Danio rerio) بررسی بیوانفورماتیکی اثر miRNAs بر بیان ژن‌‌های دخیل در فرآیند نورون-زایی در مغز ماهی گورخری (Danio rerio) 73 88 3732 10.22124/japb.2018.10814.1258 FA مهدی بنایی استادیار گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست، دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء (ص) بهبهان، بهبهان، ایران شیوا سگوند کارشناس ارشد تکثیر و پرورش آبزیان، گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست، دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء (ص) بهبهان، بهبهان، ایران Journal Article 2018 07 10 Several microRNAs (miRNAs) are involved in the differentiation of neurons and neurogenesis in vertebrates’ brain. However, there is scant knowledge of miRNAs and their target genes in fish. Microarray is recognized as a standard method for a general study of genes that are under miRNAs’ control, although the high cost of this method has limited its application. With advances in bioinformatics algorithms and computer simulation, mRNA targets for miRNAs can be predicted. Therefore, this study tries to determine genes and the relevant miRNAs by investigating the bioinformatics of genes and miRNAs involved in regulating active genes in differentiating neurons and neurogenesis in the brain of zebrafish with the help of Target Scan and DIANA tools. The results of bioinformatics investigations indicate that expression of neurod6b, neurod2, neurod4, olfm1a and olfm1b, gle1, sox11a and sox11b, cadm1b, notch2 and notch1b genes is more likely to be influenced by dre-miRNAs during neurogenesis. Therefore, the product of these genes can be used as a new appropriate candidate in experimental studies for understanding neurogenesis in the brain of zebrafish. microRNAهای (miRNA) مختلفی در فرآیند تمایز سلولهای عصبی و نورونزایی در مغز مهرهداران نقش دارند، اما بررسیهای انجام شده بر miRNAهای در ماهیان و تعیین ژنهای هدف آن‌ها بسیار محدود است. ریزآرایه به عنوان یک روش استاندارد برای مطالعه کلی ژنهای تحت کنترل miRNA‌ها است. اما هزینه بسیار زیاد این روش، استفاده از آن را در بسیاری از مواقع محدود کرده است. این در حالی است که با پیشرفت الگوریتم بیوانفورماتیکی و مدلسازی کامپیوتری میتوان اهداف mRNA را برای miRNA پیشبینی کرد. از این رو، در مطالعه حاضر تلاش شده است تا از طریق بررسی بیوانفورماتیک ژنها و miRNAهای دخیل در تنظیم ژنهای فعال در تمایز سلولهای عصبی و نورونزایی در مغز ماهی گورخری، با استفاده از نرمافزارهای پایگاههای Target Scan و DIANA ژنها و miRNAهای مربوطه شناسایی شود. نتایج بررسیهای بیوانفورماتیکی انجام شده نشان داد که بیان ژنهای neurod6b، neurod2، neurod4، olfm1a و olfm1b، gle1، sox11a و sox11b، cadm1b، notch2 و notch1b با بیشترین احتمال ممکن است در مسیر نورون‌زایی تحت تاثیر dre-miRNAs قرار گیرند. از این رو به نظر میرسد که محصول این ژنها میتواند به عنوان کاندیدای مناسب جدیدی برای بررسیهای تجربی شناخت مسیر نورونزایی در مغز ماهی گورخری در نظر گرفته شود.

https://japb.guilan.ac.ir/article_3732_4753a3938db5435224ed4d74b1e8d9ff.pdf