بررسی بیوانفورماتیکی اثر miRNAs بر بیان ژن‌‌های دخیل در فرآیند نورون-زایی در مغز ماهی گورخری (Danio rerio)

بنایی, مهدی; سگوند, شیوا

doi:10.22124/japb.2018.10814.1258

بررسی بیوانفورماتیکی اثر miRNAs بر بیان ژن‌‌های دخیل در فرآیند نورون-زایی در مغز ماهی گورخری (Danio rerio)

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

¹ استادیار گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست، دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء (ص) بهبهان، بهبهان، ایران

² کارشناس ارشد تکثیر و پرورش آبزیان، گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست، دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء (ص) بهبهان، بهبهان، ایران

10.22124/japb.2018.10814.1258

چکیده

microRNAهای (miRNA) مختلفی در فرآیند تمایز سلولهای عصبی و نورونزایی در مغز مهرهداران نقش دارند، اما بررسیهای انجام شده بر miRNAهای در ماهیان و تعیین ژنهای هدف آن‌ها بسیار محدود است. ریزآرایه به عنوان یک روش استاندارد برای مطالعه کلی ژنهای تحت کنترل miRNA‌ها است. اما هزینه بسیار زیاد این روش، استفاده از آن را در بسیاری از مواقع محدود کرده است. این در حالی است که با پیشرفت الگوریتم بیوانفورماتیکی و مدلسازی کامپیوتری میتوان اهداف mRNA را برای miRNA پیشبینی کرد. از این رو، در مطالعه حاضر تلاش شده است تا از طریق بررسی بیوانفورماتیک ژنها و miRNAهای دخیل در تنظیم ژنهای فعال در تمایز سلولهای عصبی و نورونزایی در مغز ماهی گورخری، با استفاده از نرمافزارهای پایگاههای Target Scan و DIANA ژنها و miRNAهای مربوطه شناسایی شود. نتایج بررسیهای بیوانفورماتیکی انجام شده نشان داد که بیان ژنهای neurod6b، neurod2، neurod4، olfm1a و olfm1b، gle1، sox11a و sox11b، cadm1b، notch2 و notch1b با بیشترین احتمال ممکن است در مسیر نورون‌زایی تحت تاثیر dre-miRNAs قرار گیرند. از این رو به نظر میرسد که محصول این ژنها میتواند به عنوان کاندیدای مناسب جدیدی برای بررسیهای تجربی شناخت مسیر نورونزایی در مغز ماهی گورخری در نظر گرفته شود.

کلیدواژه‌ها