تحلیل بیوانفورماتیکی شبکه ژنی و مسیر‏های زیستی مرتبط با بیماری لکه سفید (WSD) در میگوی سفید غربی (Litopenaeus vannamei)

پسندیده, رضا; پسندیده, مجید

doi:10.22124/japb.2024.28614.1554

تحلیل بیوانفورماتیکی شبکه ژنی و مسیر‏های زیستی مرتبط با بیماری لکه سفید (WSD) در میگوی سفید غربی (Litopenaeus vannamei)

مقالات آماده انتشار

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

¹ عضو هیات علمی پژوهشکده میگوی کشور

² استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران

10.22124/japb.2024.28614.1554

چکیده

ویروس سندروم لکه سفید (WSSV) عامل بیماری لکه سفید (WSD) می‏باشد که طی ده‏های اخیر موجب ضررهای اقتصادی زیادی در صنعت جهانی پرورش میگو شده است. هدف از این تحقیق، شناسایی مسیر‏های زیستی موثر و ژن‏های کلیدی مرتبط با بیماری لکه سفید در میگوی سفید غربی (Litopenaeus vannamei) بود. داده‌های ریز‌آرایه شامل 6 نمونه از بافت هپاتوپانکراس میگوهای سالم و 6 نمونه از بافت هپاتوپانکراس میگوهای آلوده به WSSV از پایگاه داده‌ GEO با شماره دسترسی GSE4955 استخراج و با استفاده از ابزار GEO2R آنالیز شدند. سپس ژن‌های افتراقی با بیان معنی‏دار مشخص شدند. از نرم‌افزار آنلاین STRING به منظور ساخت شبکه بین ژن‌های افتراقی استفاده شد. سپس ژن‏های کلیدی با استفاده از افزونه CytoHubba در نرم‌افزار Cytoscape و با روش حداکثر مرکزیت دسته (MCC) شناسایی شدند. عملکرد پیش‏بینی شده ژن‏های کلیدی در ارتباط با بیوسنتز پروستاگلاندین، فاکتور هسته‏ای کاپا B (NFKB)، پروتئین کیناز فعال شده با میتوژن (MAPK) و گیرنده گاما فعال شده با تکثیر پراکسی‏زوم (PPARG) بود. به نظر می‏رسد مسیر‏های زیستی مربوط به این ژن‏ها به ویژه ژن‏های NFKB و MAPK می‏توانند در جهت شناسایی نشانگر‏های زیستی مرتبط با بیماری لکه سفید، تشخیص و یا طراحی مهارکننده‏ علیه آن بیماری مفید باشند.

کلیدواژه‌ها